Nova Patents
RU2012121884A

Hepatitis c virus variants

Abstract

one. Isolated hepatitis C virus polynucleotide (HCV), comprising a nucleic acid sequence, HCV NS3 coding protease, having serine protease activity, where the specified nucleic acid sequence has the sequence identity, at least, 60% with a region of the nucleic acid sequence according to SEQ ID NO: 1, from position 1 to position 543, and in the indicated nucleic acid sequence there is a change in codon, at least, one position of the codon, complying with regulation 36, 155 or 156 SEQ ID NO: 1, and wherein said codon change results in a nucleic acid sequence, which encodes an amino acid residue, different from the corresponding amino acid residue in position, complying with regulation 36, 155 or 156 amino acid sequence of HCV NS3 protease according to SEQ ID NO: 2, wherein said codon change at position 36 of SEQ ID NO: 1 results in a nucleic acid sequence, encoding an amino acid residue, selected from the group consisting of M and G, and wherein said codon change at position 155 of SEQ ID NO: 1 results in a nucleic acid sequence, encoding an amino acid residue, selected from the group consisting of K, T S I M L and G and wherein said codon change at position 156 of SEQ ID NO: 1 results in a nucleic acid sequence, encoding the amino acid residue I.2. An isolated hepatitis C virus polynucleotide (HCV) comprising a nucleic acid sequence encoding an HCV NS3 protease having serine protease activity, wherein said nucleic acid sequence has sequence identity

Term

No projected expiry on record.

  1. Priority
  2. Filed
  3. Published
  4. Today

26 claims: 10 independent, 16 dependent

  1. 1
    An isolated polynucleotide of the hepatitis C virus (HCV), comprising a nucleic acid sequence encoding a protease NS3 HCV, having serine protease activity, wherein said nucleic acid sequence has a sequence identity, at least 60% of the area of ​​the nucleic acid sequence according to SEQ ID NO :1, from position 1 to position 543, wherein in said nucleic acid sequence has a change codons in at least one codon position corresponding to position 36, 155 or 156 of SEQ ID NO: 1, and wherein said change codon results in the sequence a nucleic acid that encodes an amino acid residue different from the corresponding amino acid residue in the position corresponding to position 36, 155 or 156 amino NS3 HCV protease sequences according to SEQ ID NO: 2, said change codon at position 36, SEQ ID NO: 1 results in a sequence a nucleic acid encoding an amino acid residue selected from the group consisting of M and G, and wherein said change codon at position 155 SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue selected from the group consisting of K, T, S, I, M, L and G, and wherein said change codon at position 156 of SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding the amino acid residue I. 1. Выделенный полинуклеотид вируса гепатита С (HCV), включающий последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую протеазу NS3 HCV, имеющую активность сериновой протеазы, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты имеет идентичность последовательности, по меньшей мере, 60% с областью последовательности нуклеиновой кислоты согласно SEQ ID NO: 1, от положения 1 по положение 543, причем в указанной последовательности нуклеиновой кислоты имеется изменение кодона в, по меньшей мере, одном положении кодона, соответствующем положению 36, 155 или 156 SEQ ID NO: 1, и причем указанное изменение кодона приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует аминокислотный остаток, отличный от соответствующего аминокислотного остатка в положении, соответствующем положению 36, 155 или 156 аминокислотной последовательности протеазы NS3 HCV согласно SEQ ID NO: 2, причем указанное изменение кодона в положении 36 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из M и G, и причем указанное изменение кодона в положении 155 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из K, T, S, I, M, L и G, и причем указанное изменение кодона в положении 156 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток I.
  2. 2
    The isolated polynucleotide of the hepatitis C virus (HCV), comprising a nucleic acid sequence encoding a protease NS3 HCV, having serine protease activity, wherein said nucleic acid sequence has a sequence identity, at least 60% of the area of ​​the nucleic acid sequence according to SEQ ID NO :1, from position 1 to position 543, wherein in said nucleic acid sequence has a change codons in at least one codon position corresponding to position 36, 54, 155 or 156 of SEQ ID NO: 1, and wherein said change codon results a nucleic acid sequence that encodes an amino acid residue different from the corresponding amino acid residue in the position corresponding to position 36, 54, 155 or 156 amino NS3 HCV protease sequences according to SEQ ID NO: 2, said change codon at position 36, SEQ ID NO: 1 gives the nucleic acid sequence encoding an amino acid residue selected from the group consisting of M and G, and wherein said change codon at position 54 SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue other than T or a, and said change codon at position 155 SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue selected from the group consisting of K, T, S, I, M, L and G, and wherein said change codon at position 156 SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding the amino acid residue I. 2. Выделенный полинуклеотид вируса гепатита С (HCV), включающий последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую протеазу NS3 HCV, имеющую активность сериновой протеазы, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты имеет идентичность последовательности, по меньшей мере, 60% с областью последовательности нуклеиновой кислоты согласно SEQ ID NO: 1, от положения 1 по положение 543, причем в указанной последовательности нуклеиновой кислоты имеется изменение кодона в, по меньшей мере, одном положении кодона, соответствующем положению 36, 54, 155 или 156 SEQ ID NO: 1, и причем указанное изменение кодона приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует аминокислотный остаток, отличный от соответствующего аминокислотного остатка в положении, соответствующем положению 36, 54, 155 или 156 аминокислотной последовательности протеазы NS3 HCV согласно SEQ ID NO: 2, причем указанное изменение кодона в положении 36 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из M и G, и причем указанное изменение кодона в положении 54 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, отличный от Т или А, и причем указанное изменение кодона в положении 155 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из K, T, S, I, M, L и G, и причем указанное изменение кодона в положении 156 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток I.
  3. 10
    An isolated HCV variant virus (HCV), which has reduced sensitivity to a protease inhibitor comprising a polynucleotide which comprises a nucleic acid sequence encoding a protease NS3 HCV, having serine protease activity, and there is a change in the codon at this nucleic acid sequence least one codon position corresponding to position 36, 155 or 156 of SEQ ID NO:1, and wherein said change codon leads to a nucleic acid sequence that encodes an amino acid residue different from the corresponding amino acid residue in the position corresponding to position 36, 155 or 156 amino NS3 HCV protease sequences according to SEQ ID NO: 2, said change codon at position 36, SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue selected from the group consisting of M and G, and wherein said change codon position 155 SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue selected from the group consisting of K, T, S, I, M, L and G, and wherein said change codon at position 156 of SEQ ID NO: 1 It leads to a nucleic acid sequence encoding the amino acid residue I. 10. Выделенный вариант вируса гепатита С (HCV), обладающий пониженной чувствительностью к ингибитору протеазы, содержащий полинуклеотид, который включает последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую протеазу NS3 HCV, имеющую активность сериновой протеазы, причем в этой последовательности нуклеиновой кислоты имеется изменение кодона в, по меньшей мере, одном положении кодона, соответствующем положению 36, 155 или 156 SEQ ID NO: 1, и причем указанное изменение кодона приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует аминокислотный остаток, отличный от соответствующего аминокислотного остатка в положении, соответствующем положению 36, 155 или 156 аминокислотной последовательности протеазы NS3 HCV согласно SEQ ID NO: 2, причем указанное изменение кодона в положении 36 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из M и G, и причем указанное изменение кодона в положении 155 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из K, T, S, I, M, L и G, и причем указанное изменение кодона в положении 156 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток I.
  4. 11
    An isolated HCV variant virus (HCV), which has reduced sensitivity to a protease inhibitor comprising a polynucleotide which comprises a nucleic acid sequence encoding a protease NS3 HCV, having serine protease activity, and there is a change in the codon at this nucleic acid sequence least one codon position corresponding to position 36, 54, 155 or 156 of SEQ ID NO:1, and wherein said change codon leads to a nucleic acid sequence that encodes an amino acid residue different from the corresponding amino acid residue in the position corresponding to position 36, 54 , 155 or 156 amino NS3 HCV protease sequences according to SEQ ID NO: 2, said change codon at position 36, SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue selected from the group consisting of M and G, and wherein said change codon at position 54 SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue other than T or a, and wherein said change codon at position 155 SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue, selected from the group consisting of K, T, S, I, M, L and G, and wherein said change codon at position 156 of SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding the amino acid residue I. 11. Выделенный вариант вируса гепатита С (HCV), обладающий пониженной чувствительностью к ингибитору протеазы, содержащий полинуклеотид, который включает последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую протеазу NS3 HCV, имеющую активность сериновой протеазы, причем в этой последовательности нуклеиновой кислоты имеется изменение кодона в, по меньшей мере, одном положении кодона, соответствующем положению 36, 54, 155 или 156 SEQ ID NO: 1, и причем указанное изменение кодона приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует аминокислотный остаток, отличный от соответствующего аминокислотного остатка в положении, соответствующем положению 36, 54, 155 или 156 аминокислотной последовательности протеазы NS3 HCV согласно SEQ ID NO: 2, причем указанное изменение кодона в положении 36 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из M и G, и причем указанное изменение кодона в положении 54 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, отличный от Т или А, и причем указанное изменение кодона в положении 155 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из K, T, S, I, M, L и G, и причем указанное изменение кодона в положении 156 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток I.
  5. 16
    The isolated protease of hepatitis C virus (HCV), having serine protease activity, wherein said protease is encoded by the nucleic acid sequence and wherein a said nucleic acid sequence has a codon change in at least one codon position corresponding to position 36, 155 or 156 SEQ ID NO:1, and wherein said change codon leads to a nucleic acid sequence that encodes an amino acid residue different from the corresponding amino acid residue in the position corresponding to position 36, 155 or 156 amino NS3 HCV protease sequences according to SEQ ID NO: 2, and said change codon at position 36, SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue selected from the group consisting of M and G, and wherein said change codon at position 155 SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence, encoding an amino acid residue selected from the group consisting of K, T, S, I, M, L and G, and wherein said change codon at position 156 of SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding the amino acid residue I. 16. Выделенная протеаза вируса гепатита С (HCV), имеющая активность сериновой протеазы, причем указанная протеаза кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты и причем в указанной последовательности нуклеиновой кислоты имеется изменение кодона в, по меньшей мере, одном положении кодона, соответствующем положению 36, 155 или 156 SEQ ID NO: 1, и причем указанное изменение кодона приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует аминокислотный остаток, отличный от соответствующего аминокислотного остатка в положении, соответствующем положению 36, 155 или 156 аминокислотной последовательности протеазы NS3 HCV согласно SEQ ID NO: 2, причем указанное изменение кодона в положении 36 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из M и G, и причем указанное изменение кодона в положении 155 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из K, T, S, I, M, L и G, и причем указанное изменение кодона в положении 156 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток I.
  6. 17
    The isolated protease of hepatitis C virus (HCV), having serine protease activity, wherein said protease is encoded by the nucleic acid sequence and wherein a said nucleic acid sequence has a codon change in at least one codon position corresponding to position 36, 54, 155 or 156 of SEQ ID NO:1, and wherein said change codon leads to a nucleic acid sequence that encodes an amino acid residue different from the corresponding amino acid residue in the position corresponding to position 36, 54, 155 or 156 amino NS3 HCV protease sequences according to SEQ ID NO : 2, said change codon at position 36, SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue selected from the group consisting of M and G, and wherein said change codon at position 54 SEQ ID NO: 1 gives The nucleic acid sequence encoding an amino acid residue other than T or a, and wherein said change codon at position 155 SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding an amino acid residue selected from the group consisting of K, T, S, I , M, L and G, and wherein said change codon at position 156 of SEQ ID NO: 1 leads to a nucleic acid sequence encoding the amino acid residue I. 17. Выделенная протеаза вируса гепатита С (HCV), имеющая активность сериновой протеазы, причем указанная протеаза кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты и причем в указанной последовательности нуклеиновой кислоты имеется изменение кодона в, по меньшей мере, одном положении кодона, соответствующем положению 36, 54, 155 или 156 SEQ ID NO: 1, и причем указанное изменение кодона приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, которая кодирует аминокислотный остаток, отличный от соответствующего аминокислотного остатка в положении, соответствующем положению 36, 54, 155 или 156 аминокислотной последовательности протеазы NS3 HCV согласно SEQ ID NO: 2, причем указанное изменение кодона в положении 36 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из M и G, и причем указанное изменение кодона в положении 54 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, отличный от Т или А, и причем указанное изменение кодона в положении 155 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток, выбранный из группы, состоящей из K, T, S, I, M, L и G, и причем указанное изменение кодона в положении 156 SEQ ID NO: 1 приводит к последовательности нуклеиновой кислоты, кодирующей аминокислотный остаток I.
  7. 22
    An antibody to the protease of hepatitis C virus (HCV), which is specific for the NS3 HCV protease having the activity of a serine protease, wherein said protease comprises the amino acid sequence in which the amino acid residue at at least one position corresponding to the position selected from the group consisting of positions 36, 155 and 156 of NS3 HCV protease amino acid sequence according to SEQ ID NO:2 is different from the corresponding amino acid residue in position SEQ ID NO: 2. 22. Антитело к протеазе вируса гепатита С (HCV), которое является специфичным к протеазе NS3 HCV, имеющей активность сериновой протеазы, причем указанная протеаза включает аминокислотную последовательность, в которой аминокислотный остаток, по меньшей мере, в одном положении, соответствующем положению, выбранному из группы, состоящей из положений: 36, 155 и 156 аминокислотной последовательности протеазы NS3 HCV согласно SEQ ID NO: 2, является отличным от аминокислотного остатка в соответствующем положении SEQ ID NO: 2.
  8. 23
    An antibody to the protease of hepatitis C virus (HCV), which is specific for the NS3 HCV protease having the activity of a serine protease, wherein said protease comprises the amino acid sequence in which the amino acid residue at at least one position corresponding to the position selected from the group consisting of positions:36, 54, 155 and 156 of NS3 HCV protease amino acid sequence according to SEQ ID NO: 2 is different from the corresponding amino acid residue in position SEQ ID NO: 2. 23. Антитело к протеазе вируса гепатита С (HCV), которое является специфичным к протеазе NS3 HCV, имеющей активность сериновой протеазы, причем указанная протеаза включает аминокислотную последовательность, в которой аминокислотный остаток, по меньшей мере, в одном положении, соответствующем положению, выбранному из группы, состоящей из положений: 36, 54, 155 и 156 аминокислотной последовательности протеазы NS3 HCV согласно SEQ ID NO: 2, является отличным от аминокислотного остатка в соответствующем положении SEQ ID NO: 2.
  9. 24
    An expression vector comprising the HCV polynucleotide according to any of claims 1-9 operably linked to a promoter. 24. Вектор экспрессии, включающий полинуклеотид HCV по любому из пп.1-9, функционально связанный с промотором.
  10. 26
    The present invention relates to HCV variants, particularly variants that are resistant to a protease inhibitors such as VX-950. Also provided are methods and compositions related to the HCV variants. Further provided are methods of isolating, identifying, and characterizing multiple viral variants from a patient. 26. The present invention relates to HCV variants, particularly variants that are resistant to a protease inhibitors such as VX-950. Also provided are methods and compositions related to the HCV variants. Further provided are methods of isolating, identifying, and characterizing multiple viral variants from a patient.
Independent claims10