EP1409497B1

Method for preparation of lna phosphoramidites

Abstract

The present invention relates to large scale preparation of LNA phosphoramidites using a 2-cyanoethyl-N,N,N',N'-tetra-substituted phosphoramidite and a nucleophilic activator, e.g. 2-cyanoethyl-N,N,N',N'-tetraisopropylphosphoramidite and 4,5-dicyanoimidazole. The method is faster and more cost efficient than previously known methods.

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Expired 12 July 2022, 4.2 years ago.

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9 claims: 9 independent, 0 dependent

  1. 1
    A method for the synthesis of an LNA phosphoramidite, the method comprising phosphitylation of the 3'-OH group of an LNA monomer with a 2-cyanoethyl-N,N, N', N'- tetra-substituted phosphoramidite in the presence of a nucleophilic activator selected from 4,5-dicyanoimidazole (DCI), 4-alkylthioimidazole, 2-alkylthioimidazole, 2-nitroimidazole, 4-nitroimidazole, 4,5-dihaloimidazole, 4-haloimidazole, 2-haloimidazole and 5-alkoxytetrazole. Procédé de synthèse d'un phosphoramidite d'acide nucléique verrouillé (LNA), le procédé comprenant la phosphitylation du groupe 3'-OH d'un monomère d'acide nucléique verrouillé avec un phosphoramidite à substitution 2-cyanoéthyl-N,N,N',N'-tétra en présence d'un activateur nucléophile choisi parmi le 4,5-dicyanoimidazole (DCI), le 4-alkylthioimidazole, le 2-alkylthioimidazole, le 2-nitroimidazole, le 4-nitroimidazole, le 4,5-dihaloimidazole, le 4-haloimidazole, le 2-haloimidazole et le 5-alcoxytétrazole. Verfahren zur Herstellung eines LNA Phosphoramidites, wobei das Verfahren eine Phosphitylierung der 3'-OH Gruppe eines LNA Monomers mit einem 2-Cyanoethyl-N,N,N',N'-tetra-substituierten Phosphoramidit in Gegenwart eines nukleophifen Aktivators ausgewählt aus 4,5-Dicyanoimidazol (DCI), 4-Alkylthioimidazol, 2-Alkylthioimidazol, 2-Nitroimidazol, 4-Nitroimidazol, 4,5-Dihaloimidazol, 4-Haloimidazol, 2-Haloimidazol und 5-Alkoxytetrazol beinhaltet.
  2. 2
    Procédé selon la revendication 1, lequel comprend tout au plus une étape de précipitation. The method according to claim 1, which comprises at the most one precipitation step. Verfahren nach Anspruch 1, umfassend wenigstens einen Fällungsschritt.
  3. 3
    Procédé selon la revendication 1 ou 2, dans lequel le phosphoramidite à substitution 2-cyanoéthyl-N,N,N',N'-tétra est choisi parmi le 2-cyanoéthyl-N,N,N',N'-tétraisopropylphosphoramidite et le 2-cyanoéthyl-N,N,N',N'-tétraéthylphosphoramidite. The method according to claim 1 or 2, wherein the 2-cyanoethyl-N,N,N',N'-tetra-substituted phosphoramidite is selected from 2-cyanoethyl-N,N,N',N'-tetraisopropylphosphoramidite and 2-cyanoethyl-N,N,N',N'-tetraethylphosphoramidite. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, bei dem das 2-Cyanoethyl-N,N,N',N'tetra-substituierte Phosphoramidit ausgewählt wird aus 2-Cyanoethyl-N,N,N',N'-Tetraisopropylphosphoramidit und 2-Cyanoethyl-N,N,N',N'-Tetraethylphosphoramidit.
  4. 4
    Procédé selon les revendications 1 ou 2, dans lequel le phosphoramidite à substitution 2-cyanoéthyl-N,N,N',N'-tétra est le 2-cyanoéthyl-N,N,N',N'-tétraisopropylphosphoramidite et l'activateur nucléophile est le 4,5-dicyanoimidazole. The method according to claims 1 or 2, wherein the 2-cyanoethyl-N,N,N'N'-tetra-substituted phosphoramidite is 2-cyanoethyl-N,N,N'N'-tetraisopropylphosphoramidite and the nucleophilic activator is 4,5-dicyanoimidazole. Verfahren nach den Ansprüchen 1 oder 2, bei dem das 2-Cyanoethyl-N,N,N',N'-tetra-substituierte Phosphoramidit 2-Cyanoethyl-N,N,N',N'-Tetraisopropylphosphoramidit und der nukleophile Aktivator 4,5-Dicyanoimidazol ist.
  5. 5
    Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le rapport molaire entre le monomère d'acide nucléique verrouillé et l'activateur nucléique est dans la plage de 1/0,0001 à 1/10. The method according to any of the preceding claims, wherein the molar ratio between the LNA monomer and the nucleophilic activator is in the range of 1:0.0001 to 1:10. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, bei dem das molare Verhältnis zwischen dem LNA Monomer und dem nukleophilen Aktivator im Bereich von 1:0,0001 bis 1:10 liegt.
  6. 6
    Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le rapport molaire entre le monomère d'acide nucléique verrouillé et le réactif PN2 du phosphoramidite à substitution 2-cyanoéthyl-N,N,N',N'-tétra est dans la plage de 1/0,9 à 1/10. The method according to any of the preceding claims, wherein the molar ratio between LNA monomer and the 2-cyanoethyl-N,N,N,'N'-tetra-substituted phosphoramidite PN2-reagent is in the range of 1:0.9 to 1:10. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, bei dem das molare Verhältnis zwischen dem LNA Monomer und dem 2-Cyanoethyl-N,N,N',N'-tetrasubstituierten Phosphoramidit PN2-Reagenz im Bereich von 1:0,9 bis 1:10 liegt.
  7. 7
    Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel on laisse la phosphitylation se poursuivre pendant 0,2 à 8 heures. The method according to any of the preceding claims, wherein the phosphitylation is allowed to proceed for 0.2-8 hours. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, bei dem die Phosphitylierung für 0,2 bis 8 Stunden aufrechterhalten wird.
  8. 8
    Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel le monomère d'acide nucléique verrouillé a une nucléobase choisie parmi la guanine, la thymine, la cytosine, la 5-méthylcytosine, l'uracile et l'adénine. The method according to any of the preceding claims, wherein the LNA monomer has a nucleobase selected from guanine;thymine, cytosine, 5-methylcytosine uracil and adenine. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, bei dem das LNA Monomer eine Nukleinbase ausgewählt aus Guanin, Thymin, Cytosin, 5-Methylcytosin, Uracil und Adenin aufweist.
  9. 9
    Procédé selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans lequel la structure du monomère d'acide nucléique verrouillé est choisie parmi oxy-β-D-ribo-LNA, thio- β -D-ribo-LNA, amino- β -D-ribo-LNA, oxy- α -L-ribo-LNA, thio-α -L-ribo-LNA et amino- α -L-ribo-LNA. The method according to any of the preceding claims, wherein the LNA monomer structure is selected from oxy β-D-ribo-LNA, thio-β-D-ribo-LNA, amino-β-D-ribo-LNA, oxy-α-L-ribo-LNA, thio-α-L-ribo-LNA and amino-α-L-ribo-LNA. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, bei dem die Struktur des LNA Monomers ausgewählt ist aus oxy-β-D-Ribo-LNA, thio-β-D-Ribo-LNA, amino-β-D-Ribo-LNA, oxy-α-L-Ribo-LNA, thio-α-L-Ribo-LNA und amino-α-L-Ribo-LNA.