Nova Patents
RU2013141237A

Methods for non-invasive prenatal ploidy calling

Abstract

one. The method of determining the status of ploidy of a chromosome or chromosome segment in a fetus involving: measuring DNA in a sample which contains maternal DNA from the mother of the fetus and fetal DNA from the fetus, in the set of polymorphic loci in the chromosome or chromosome segment; computer calculation of the number of alleles in the set of polymorphic loci from DNA measurements, made in the sample; creating on the computer a variety of hypotheses of ploidy, each of which refers to a different possible state of chromosome ploidy or chromosome segment; building a joint distribution model for the expected number of alleles in a variety of polymorphic loci in a chromosome or chromosome segment for each ploidy hypothesis; determining the relative probability of each ploidy hypothesis using a joint model distributions and numbers of alleles, measured in the sample; and determining the state of fetal ploidy by selecting the state of ploidy, corresponding to the hypothesis with the highest probability. The method of claim 1, wherein the DNA in the sample is derived from the maternal plasma. The method of claim 1, wherein the method further provides for preferential multiplication of DNA in the sample at a plurality of polymorphic loci prior to the measurement step. The method of claim 3, wherein the preferred multiplication of DNA in the sample in a plurality of polymorphic loci involves: obtaining a plurality of pre-circularized probes, where each probe is aimed at one of the polymorphic loci, where the 3 ′ and 5 ′ ends of each probe are designed to hybridize with region of DNA that is separated from the polymorphic

Term

5.1 yearsto projected expiry

Projected expiry 18 November 2031, counted from filing; an application has no term until it is granted.

  1. Priority
  2. Filed
  3. Published
  4. Today
  5. Projected expiry

30 claims: 2 independent, 28 dependent

  1. 1
    A method for determining the ploidy status of chromosomes or chromosome segments have to carry a fetus, comprising:1. Способ определения статуса плоидности хромосомы или сегмента хромосомы у вынашиваемого плода, предусматривающий: Measuring DNA in a sample which contains DNA from the maternal fetal maternal and fetal DNA from a fetus in a plurality of polymorphic loci in the chromosome or chromosome segment;измерение ДНК в образце, который содержит материнскую ДНК от матери плода и плодную ДНК от плода, во множестве полиморфных локусов в хромосоме или сегменте хромосомы;calculating on the computer in the set of alleles at polymorphic loci of DNA measurements performed in the sample;вычисление на компьютере числа аллелей во множестве полиморфных локусов по измерениям ДНК, выполненным в образце;creating computer sets ploidy hypotheses, each of which deals with different possible ploidy state of the chromosome or chromosome segment;создание на компьютере множества гипотез плоидности, каждая из которых касается различного возможного состояния плоидности хромосомы или сегмента хромосомы;build a computer model for the joint distribution of the expected number of alleles in a variety of polymorphic loci in the chromosome or chromosome segment for each ploidy hypothesis;построение на компьютере модели совместного распределения для ожидаемого числа аллелей во множестве полиморфных локусов в хромосоме или сегменте хромосомы для каждой гипотезы плоидности;determining on the computer the relative probability of each of the ploidy hypotheses using the model and the joint distribution of the alleles in the sample is measured;and определение на компьютере относительной вероятности каждой из гипотез плоидности с использованием модели совместного распределения и числа аллелей, измеренных в образце;и establish ploidy status of the fetus through the selection of ploidy status, consistent with the hypothesis with the highest probability. установление состояния плоидности плода путем отбора состояния плоидности, соответствующего гипотезе с наибольшей вероятностью.
  2. 30
    A method for determining the presence or absence of fetal aneuploidy, comprising:30. Способ определения наличия или отсутствия анеуплоидии плода, предусматривающий: (A) perform massively parallel DNA sequencing DNA fragments randomly selected from a mixture of fetal and maternal genomic DNA for sequencing DNA fragments;(a) выполнение массивно-параллельного секвенирования ДНК фрагментов ДНК, произвольно выбранных из смеси плодной и материнской геномной ДНК, для определения последовательности фрагментов ДНК;(B) identification of chromosomes or chromosome segments, which belong to the sequence obtained in step (a);(b) идентификацию хромосом или сегментов хромосом, которым принадлежат последовательности, полученные на этапе (a);(C) use of the data phase (b) to determine the amount of at least a first chromosome or chromosome segment in a mixture of maternal and fetal genomic DNA in which it is assumed that at least a first chromosome or chromosome segment are euploid fetus;(c) использование данных этапа (b) для определения количества по меньшей мере одной первой хромосомы или сегмента хромосомы в смеси материнской и плодной геномной ДНК, при котором предполагается, что по меньшей мере одна первая хромосома или сегмент хромосомы являются эуплоидными у плода;(D) use the data step (b) to determine the amount of the second chromosome or chromosome segment in the mix of maternal and fetal genomic DNA in which it is expected that the second chromosome or chromosome segment are aneuploid in the fetus;(d) использование данных этапа (b) для определения количества второй хромосомы или сегмента хромосомы в смеси материнской и плодной геномной ДНК, при котором ожидается, что вторая хромосома или сегмент хромосомы являются анеуплоидными у плода;(E) calculating fetal DNA fraction in a mixture of fetal and maternal DNA;(e) вычисление фракции плодной ДНК в смеси плодной и материнской ДНК;(F) calculating the expected distribution of the number of the second chromosome or chromosome segment in the case where the second chromosome or chromosome segment are euploid, with the number determined in step (c);(f) вычисление ожидаемого распределения количества второй хромосомы или сегмента хромосомы для случая, при котором вторая хромосома или сегмент хромосомы являются эуплоидными, с использованием количества, определенного на этапе (c);(G) calculating the expected distribution of the number of the second chromosome or chromosome segment in the case where the second chromosome or chromosome segment are aneuploid, using the amount determined in step (c), and the calculated fetal DNA fraction in a mixture of fetal and maternal DNA in step ( e) and (g) вычисление ожидаемого распределения количества второй хромосомы или сегмента хромосомы для случая, при котором вторая хромосома или сегмент хромосомы являются анеуплоидными, с использованием количества, определенного на этапе (c), и рассчитанной фракции плодной ДНК в смеси плодной и материнской ДНК на этапе (e) и (H) the use of maximum likelihood or the maximum a posteriori approach to determine whether the number of the second chromosome or chromosome segment determined in step (d), are more likely part of the distribution calculated in step (f), or distribution, calculated in step (g );which thereby indicates the presence or absence of fetal aneuploidy in. (h) использование максимального правдоподобия или максимального апостериорного подхода для определения, является ли количество второй хромосомы или сегмента хромосомы, определенное на этапе (d), с большей вероятностью частью распределения, рассчитанного на этапе (f), или распределения, рассчитанного на этапе (g);что, тем самым, указывает на наличие или отсутствие анеуплоидии у плода.
Independent claims2